O controle de pragas é obrigatório nos locais de manipulação e de armazenamento de produtos acabados e facultativo nos vestiários e nas áreas externas.

O manejo de resíduos não é contemplado no programa pois não influencia na contaminação, já que os resíduos devem ser depositados em áreas externas e específicas.

A superfície que entra em contato com os alimentos pode ser fonte de microrganismo patogênico, portanto, deve ser limpa e sanificada rigorosamente.

A contaminação do alimento através de perigos físicos, químicos e biológicos não pode ser evitada através do Programa de Controle Médico de Saúde Ocupacional, portanto, sua implantação é facultativa.