a Agência Nacional de Águas − ANA faz parte do SISNAMA.

os Municípios fazem parte do SISNAMA e podem exercer atividade fiscalizatória de empreendimento licenciado pela União, nos casos de iminência de degradação da qualidade ambiental.

o Conselho Nacional do Meio Ambiente − CONAMA é um órgão colegiado consultivo e deliberativo do SISNAMA.

o Ibama e o Instituto Chico Mendes são órgãos executores do SISNAMA, sendo que o primeiro tem a atribuição de exercer o licenciamento e a fiscalização, e o segundo tem a atribuição de gerenciar o Sistema Nacional de Unidades de Conservação − SNUC.

as Secretariais Estaduais de Meio Ambiente são órgãos seccionais do SISNAMA.