A União implementa políticas nacionais, mas a formulação é feita por seus parceiros (estados, municípios, ONGs e iniciativa privada).

A partir do Pacto pela Saúde, assinado em 2006, o gestor federal passa a assumir imediata ou paulatinamente a plenitude da gestão das ações e serviços de saúde oferecidos em seu território.

O governo federal implementa políticas nacionais e estaduais, além de organizar o atendimento à saúde em seu território.

Todos os estados e municípios devem ter conselhos de saúde compostos por representantes dos usuários do SUS, dos prestadores de serviços, dos gestores e dos profissionais de saúde. Os conselhos são fiscais da aplicação dos recursos públicos em saúde.

Os medicamentos básicos são adquiridos pelo governo federal e repassados aos municípios conforme a demanda.