O Programa tem como público-alvo prioritário estudantes da educação infantil, do ensino fundamental e do ensino médio das escolas públicas, buscando promover a saúde e a cultura da paz.

O PSE é de adesão obrigatória por todos os municípios, cabendo ao Ministério da Saúde a responsabilidade de implementar suas ações de forma centralizada.

Entre os objetivos do PSE está a ampliação do acesso dos estudantes da rede pública às ações de saúde, mas não a formação dos profissionais de educação para atuação em temas relacionados à saúde, já que este tema é específico dos profissionais da área da saúde.

O Decreto nº 6.286/2007 define que a execução das ações do PSE deve ocorrer exclusivamente no espaço escolar, sem previsão de articulação com as unidades básicas de saúde ou com a comunidade.

O PSE dedica-se à promoção da saúde de estudantes, com foco nas situações de risco já instaladas, priorizando às condições de maior gravidade.