Existem vários genes para cada classe de molécula do MHC, arranjados em um grupamento dentro de uma grande região conhecida como complexo de histocompatibilidade principal (MHC). Há duas classes de moléculas do MHC, moléculas do MHC de classe I e moléculas do MHC de classe II. As moléculas do MHC de classe I, que se ligam estavelmente a peptídeos derivados de proteínas sintetizadas são degradadas: