A gestão do PNAE é centralizada, o que simplifica a aquisição de alimentos, permitindo que os cardápios sejam padronizados nacionalmente, sem necessidade de considerar a cultura alimentar local.

A aquisição de alimentos da agricultura familiar é incentivada, mas não obrigatória, e o percentual mínimo de 45% é uma meta a ser alcançada a longo prazo, sem impacto direto na elaboração dos cardápios.

O planejamento do cardápio deve priorizar alimentos in natura, incluir ações de educação alimentar e nutricional, e considerar o apoio ao desenvolvimento sustentável, com a aquisição de, no mínimo, 45% dos recursos destinados à compra de alimentos da agricultura familiar, priorizando mulheres e jovens agricultores.

O Conselho de Alimentação Escolar (CAE) tem como principal função a aprovação dos cardápios elaborados pelo Nutricionista, sem responsabilidade pela fiscalização da aplicação dos recursos ou pela emissão de parecer conclusivo sobre a execução do programa.