A Diretoria é órgão superior colegiado de administração da FUNAPE, composta por 05 (cinco) Diretores, sendo um Diretor-Presidente.

Compete à Diretoria da FUNAPE a execução das decisões do Conselho de Administração.

Os diretores da FUNAPE podem exercer a atividade do seu órgão de origem, cumulando atribuições e remunerações.

A representação judicial e extrajudicial da FUNAPE será exercida privativamente pela Procuradoria Geral do Estado de Pernambuco, competindo ao Procurador Geral do Estado receber citações em nome da FUNAPE.