Quando o serviço prestado por sociedade empresária de trabalho temporário for de intermediação, incidirá ISSQN unicamente sobre a taxa de agenciamento, que é a contraprestação pelo serviço de intermediação de mão de obra, ainda que o valor do contrato englobe os valores dos salários pagos e encargos sociais dos trabalhadores por ela contratados nas hipóteses de fornecimento de mão de obra.

O CTRMS/2006 veda expressamente a fixação do valor do imposto a partir de uma base de cálculo estimada, embora o volume ou a modalidade da prestação do serviço dificulte o controle ou a fiscalização. Tal previsão foi motivada pela jurisprudência do STJ, que proíbe a utilização de pautas fiscais.

Para fins de incidência do ISSQN no âmbito territorial do município de Salvador, é necessário que o prestador do serviço tenha estabelecimento fixo.

Cabe a LC dirimir conflitos de competência entre os entes tributários. Consiste em um típico conflito de competência em matéria tributária saber se o fornecimento de serviços juntamente com mercadorias enseja tributação pelo ISSQN ou pelo ICMS. Nesse caso, a regra é que incide o ICMS, porque se encontra expressamente ressalvada a incidência predominante do fornecimento de mercadorias.

Para a incidência do ISSQN, é necessária a ocorrência de uma prestação de serviços, assim considerada uma prestação de fazer, razão pela qual é inconstitucional a incidência desse imposto para operações de locação de bens móveis, pois o legislador municipal não pode alterar o sentido e o alcance de institutos próprios de direito privado.