A primeira capela da comunidade foi projetada por um padre de origem italiana chamado João, falecido na década de 1950 devido a uma grave alergia pelo contato com a planta urtiga. O nome do município se deu em homenagem ao padre.

Ainda no início dos anos 1900, quando o território do município começou a ser colonizado, viveu ali um indígena catequizado e batizado de João, famoso pelo costume de benzer as pessoas com galhos de urtiga. O nome do município é em sua homenagem.

Os primeiros moradores que se estabeleceram onde hoje está localizada a cidade eram descendentes de italianos, vindos principalmente da região de Ortica (que se traduz como urtiga). Devido à devoção desses moradores a São João, deu-se o nome de São João da Urtiga ao local.

A devoção ao santo São João Batista fez com que os moradores erguessem uma capela em sua homenagem, e a comunidade passou a se chamar São João. Depois, devido à grande quantidade da planta urtiga que havia no território, o local passou a se chamar São João da Urtiga.

Quando os primeiros moradores chegaram ao local do município, enfrentaram dias de grandes tempestades e encontraram uma pequena construção de madeira cercada por vários pés de urtiga, que serviu de abrigo às famílias, que eram devotas de São João. Eles transformaram a antiga construção em uma igreja em homenagem ao santo e nomearam o local de São João da Urtiga.