É uma das suas competências apreciar, para fins de registro, a legalidade dos atos de admissão de pessoal, a qualquer título, na administração direta e indireta, inclusive as nomeações para cargo de provimento em comissão, bem como a das concessões de aposentadorias, reformas e pensões.

É da sua competência aplicar aos responsáveis, em caso de ilegalidade de despesa ou irregularidade de contas, as sanções previstas em lei, que estabelecerão, entre outras cominações, indisponibilidade dos bens do acusado e multa proporcional ao dano causado ao erário.

Se verificar alguma ilegalidade, tem competência para assinar prazo a fim de que o órgão ou entidade adote as providências necessárias ao exato cumprimento da lei e sustar, se não atendido, a execução do ato impugnado, comunicando a decisão à Câmara dos Deputados e ao Senado Federal.

É sua competência julgar anualmente as contas prestadas pelo Presidente da República e apreciar os relatórios sobre a execução dos planos de governo, aplicando as sanções previstas em lei em caso de ilegalidade de despesa ou de contas.

O Supremo Tribunal Federal já decidiu, por meio de súmula, que é vedado ao Tribunal de Contas da União, no exercício de suas funções, apreciar a constitucionalidade das leis e dos atos do Poder Público.