O conselho de administração reunir-se-á, ordinariamente, uma vez por bimestre, com a presença da maioria absoluta dos conselheiros, e deliberará por maioria absoluta de votos.

As sessões extraordinárias serão formalmente convocadas com, no mínimo, cinco dias de antecedência, por escrito, apenas por iniciativa do governador do estado ou do secretário da SARE.

O conselheiro que, injustificadamente, não comparecer a 10% das sessões ordinárias e(ou) extraordinárias, em um mesmo exercício financeiro, será destituído de seu mandato.

O conselho administrativo será integrado por seu presidente e por oito conselheiros efetivos e oito suplentes, todos escolhidos entre pessoas com formação superior, de reconhecida capacidade e experiência comprovada, preferencialmente em uma das seguintes áreas: seguridade, administração, economia, finanças, contabilidade, direito ou engenharia.

O diretor-presidente da FUNAPE será sempre convocado formalmente para participar das sessões ordinárias e extraordinárias do conselho, nas quais terá direito a voz e a voto.