Na fase aguda da doença, os métodos parasitológicos são mais indicados que os imunológicos e recomenda-se a realização simultânea de diferentes exames parasitológicos diretos. A ocorrência de casos suspeitos de Doença de Chagas deve ser notificada imediatamente (até 24 horas após a suspeição).

Na fase aguda da doença são utilizados os exames parasitológicos, dentre eles, o método da lâmina corada de gota espessa é o que possui a maior sensibilidade. A notificação só é obrigatória após a confirmação da Doença de Chagas.

Na fase aguda da Doença de Chagas são prioritariamente utilizados os métodos sorológicos para o diagnóstico. Sendo a detecção de anticorpos anti-T. cruzi da classe IgM o método mais sensível e específico. A notificação compulsória é obrigatória mesmo antes da confirmação da Doença de Chagas.

Os métodos de diagnósticos utilizados na fase crônica são os métodos parasitológicos, não precisando de realização de mais de um método para confirmação. A ocorrência de casos suspeitos de Doença de Chagas deve ser notificada imediatamente (até 24 horas após a suspeição).

Na fase crônica da doença, o diagnóstico é essencialmente sorológico e a confirmação laboratorial de Doença de Chagas na fase crônica ocorre quando há positividade em dois testes sorológicos de princípios distintos ou com diferentes preparações antigênicas. A notificação só é obrigatória após a confirmação da Doença de Chagas.