As seções I e II do Capitulo III do Decreto nº. 6.663/2012 descreve, entre outras, as seguintes competências:

I - Coordenar e acompanhar os programas, projetos e atividades desenvolvidas pelas unidades administrativas da Secretaria, avaliando os resultados atingidos.

II - Facilitar o processo decisório, através do estabelecimento de fluxos constantes de informações entre as unidades administrativas da Secretaria.

III - Acompanhar, supervisionar e assessorar os Escritórios Regionais da Secretaria no desenvolvimento de suas ações.

IV - Propor a contratação de empresas de auditoria para verificação sistemática da coerência, forma e conteúdo das atividades da Secretaria.