Para os estabelecimentos de aquicultura que forneçam a matéria-prima cuja destinação final seja o consumo humano ou animal, os produtos de uso veterinário e as substâncias químicas e biológicas utilizadas com finalidade profilática ou terapêutica deverão estar registrados para uso em aquicultura no órgão competente.

Os estabelecimentos de aquicultura deverão adotar ações de boas práticas de aquicultura que incluam manejo sanitário adequado para o tipo de estabelecimento de aquicultura.

Os estabelecimentos de aquicultura deverão manter arquivo de dados auditáveis dos três últimos ciclos de produção ou dos últimos três anos.

Os animais moribundos e mortos deverão ser removidos dos sistemas de produção rigorosamente todos os dias e as carcaças incineradas no próprio estabelecimento.

Durante o transporte dos animais vivos para o abate, a qualidade da água nos veículos pode deteriorar muito rapidamente. Por isso, é essencial que o nível de oxigênio seja monitorado e mantido sempre acima de 10 mg/L.