A gestão financeira do SUS é tripartite e descentralizada, com recursos dos orçamentos da União, estados e municípios, repassados principalmente "fundo a fundo".

O InvestSUS Gestão é a plataforma principal para acompanhar repasses, saldos, propostas e execução orçamentária.

Os recursos vêm de fontes federais, estaduais e municipais, sendo todos corresponsáveis.

A aplicação de recursos segue princípios da Lei 8.142, com foco no planejamento, execução (empenho, liquidação, pagamento) e fiscalização via Conselhos de Saúde.

A execução financeira não necessita estar alinhada aos instrumentos de planejamento e orçamento público como Plano de Saúde, Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e Lei Orçamentária Anual (LOA).