o rápido crescimento da comunidade de Canudos passou a incomodar a Igreja Católica, que perdia fiéis, e os coronéis locais, que perdiam mão de obra. Para pôr fim a seus problemas, Igreja e coronéis contrataram cangaceiros vindos de Pernambuco para atacar o povoado de Canudos, destruindo-o completamente em outubro de 1897.

inúmeras foram as tentativas do governo da Bahia para derrotar a comunidade de Canudos, mas foi a seca do nordeste que logrou derrotar os adeptos do beato Antônio Conselheiro, após seis meses de estiagem.

o fanatismo religioso dos seguidores do beato Antônio Conselheiro foi o responsável pelo suicídio coletivo da comunidade de Canudos, pouco antes do arraial ser invadido pelo exército.

após obter três vitórias contra as tropas do governo da Bahia, o arraial de Canudos foi totalmente dizimado pelo exército enviado pelo governo federal.

Antônio Conselheiro liderou a retirada da comunidade de Canudos e sua transferência para outro local do sertão baiano. Após o esvaziamento do arraial, os adeptos de Conselheiro destruíram e queimaram todas as casas do povoado.