Alguns meios de cultura contêm em sua composição elementos termosensíveis e não são submetidos à autoclavagem.

Meios de cultura que apresentam o pH final ácido, como o ágar batata dextrose utilizado na análise de fungos, devem ser acidificados no momento da utilização com solução ácida esterilizada.

A esterilização dos meios de cultura para utilização na análise microbiológica pode ser realizada em estufa de esterilização ou autoclave.

A esterilização de algumas soluções utilizadas no preparo de meios de cultura pode ser realizada através de filtração.