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O objetivo de um método bioanalítico quantitativo é fornecer uma determinação exata, precisa e confiável da quantidade de um analito alvo, geralmente um fármaco, um metabólito ou um biomarcador em amostras biológicas complexas, tais como fluidos ou tecidos. A seletividade de um sistema de detecção triplo quadrupolo no modo de aquisição de monitoramento de reações múltiplas (MRM) é elevada e, em muitos casos, a separação de diferentes analitos por cromatografia a líquido não precisa ser efetuada com o mesmo rigor exigido por outros sistemas de detecção. A separação cromatográfica é realmente necessária na espectrometria de massas sequencial com analisador do tipo triplo quadrupolo no modo de aquisição MRM:
I – para aumentar a sensibilidade, exatidão e precisão do método analítico quantitativo, como resultado da separação eficiente dos analitos alvo de impurezas e outros componentes da matriz complexa, que mesmo não sendo detectados no modo MRM podem competir pela ionização e alterar o sinal obtido.
II – a fim de possibilitar a análise de isóbaros, substâncias quirais e substâncias que podem interferir pela contribuição de isótopos M+1 ou M+2, onde M é a massa monoisotópica.
III – sempre que for preciso analisar mais de uma substância simultaneamente.
Dos itens acima, somente:
 

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