A movimentação dos recursos entre as unidades do sistema de programação financeira é executada por meio de cota, repasse e sub-repasse. A cota é a movimentação intra-SIAFI dos recursos da conta única do órgão central para o setorial de programação financeira, enquanto o repasse é a liberação de recursos do órgão setorial de programação financeira para entidades da administração indireta.