O primeiro presidente foi Marechal Deodoro da Fonseca, presidente interino desde a Proclamação da República e eleito após a aprovação da Constituição de 1891.

Deodoro da Fonseca encerrou seu mandado em 1891, quando assumiu o presidente eleito Marechal Floriano Peixoto que assumiu a presidência até 1894, encerrando o período conhecido como República da Espada.

A adoção do presidencialismo e do federalismo como forma organizativa do Estado foram as principais características da Constituição de 1891, o que acarretou em uma política de alianças e, consequentemente, a ausência de conflitos políticos e militares na primeira década republicana.

Prudente de Morais foi o último presidente militar, encerrando a República da Espada em 1894 e dando início a alternância entre representantes das oligarquias rurais do sudeste brasileiro até 1930.