A origem do nome é uma homenagem a São Francisco de Borja, que foi o terceiro general da ordem dos jesuítas.

É a primeira cidade dos Sete Povos das Missões.

É conhecida a “Terra dos Presidentes", por ser cidade natal de dois ex-presidentes do Brasil eleitos para o cargo, Getúlio Vargas e João Goulart.

Era distrito da cidade de Uruguaiana, sendo emancipado em 1817.

Faz fronteira com a cidade de São Tomé, na Argentina.