Na aplicação de recursos do FNHIS de forma descentralizada, os estados, o Distrito Federal e os municípios devem constituir fundo, com dotação orçamentária própria, destinado a implementar a Política de Habitação de Interesse Social. O Conselho Gestor do FNHIS poderá dispensar alguns municípios dessa determinação, em razão de características territoriais, econômicas, sociais ou demográficas.