Uma prática comum na obtenção de imagens para publicação é a associação de uma barra de calibração. O sistema operacional do microscópio confocal normalmente possui essas calibrações associadas a cada objetiva. Para a calibração do sistema, usa-se um micrômetro-objeto, uma lâmina contendo uma escala micrometrada que, interpretada pelo sistema, estabelece a seguinte correlação com a escala capturada por cada objetiva: