Entre as principais críticas feitas por especialistas em relação à PNPCT está a ausência de preocupação com aspectos relacionados ao exercício de práticas comunitárias.

Articulação e integração com o Sistema Nacional de Segurança da Agricultura do governo federal estão entre os princípios da PNPCT.

A PNPCT visa promover o desenvolvimento sustentável dos povos e comunidades tradicionais, com ênfase no reconhecimento de suas origens e na garantia dos seus direitos culturais, independentemente dos aspectos territoriais, ambientais e econômicos.

Por ser uma política do governo federal, a articulação com as demais políticas públicas relacionadas aos direitos dos povos e comunidades tradicionais nas esferas municipais constitui um dos princípios da PNPCT.