A colaboração entre os entes federativos deve ser formalizada por meio de instrumentos de cooperação institucional listados em numerus clausus na legislação de regência.

É permitida a atuação subsidiária de ente da Federação quando solicitado auxílio pelo ente federativo originariamente detentor das atribuições decorrentes das competências comuns, sendo a atuação supletiva, contudo, vedada.

Ao IBAMA, autarquia federal integrante do Sistema Nacional de Meio Ambiente, compete executar programas de proteção à biodiversidade e exercer o poder de polícia ambiental nas unidades de conservação instituídas pela União.

Os estados podem editar normas suplementares sobre biossegurança, ainda que essas normas sejam mais severas que a lei federal, salvo em matéria criminal.

Na CF estão previstas competências ambientais materiais privativas dos municípios.