Em razão das proteínas serem substâncias anfóteras, é indispensável manter constante o pH do meio durante a eletroforese, através do uso de soluçõestampão para não gerar cargas, as quais podem interferir na corrida.

A proteína é desnaturada por aquecimento, então ocorre a quebra das ligações dissulfeto que torna os polipeptídeos com carga positiva, fazendo com que eles migrem para o pólo catiônico.

Concentrado de hemácias é a melhor amostra a ser aplicada em um gel alcalino na eletroforese de proteínas.

A fase reversa consiste do emprego de solventes polares para a eluição dos analitos.