Limpeza é o processo de remoção do material orgânico e inorgânico, com o objetivo de reduzir a carga microbiana e garantir a eficácia do processo de esterilização, podendo ser realizada com limpeza manual ou automatizada pelo uso da autoclave de vapor.

O processo de desinfecção tem o objetivo de eliminar todas as formas microbianas, inclusive esporos bacterianos, e pode ser realizada através de agentes químicos denominados desinfetantes ou por meios físicos através de ultrassom, ultravioleta e água em temperatura superior a 110º C por 60 minutos.

O processo que utiliza agentes químicos ou físicos capaz de destruir todas as formas de vida microbiana é chamado de esterilização. O material é considerado estéril quando a probabilidade de sobrevida dos microrganismos é menor do que 10-6. A esterilização por vapor saturado sob pressão é o processo mais eficiente, desde que os materiais sejam compatíveis com a exposição ao calor e à umidade.

O processo de esterilização utilizando lavadoras termodesinfetadoras – por exemplo, aquelas utilizadas para lavar bebedouros e gaiolas – utiliza temperaturas entre 25º C e 120º C.

Os agentes químicos ultraclorados podem ser utilizados nos biotérios nos processos de esterilização, pois são capazes de matar esporos bacterianos na concentração e sob condições ideais.