Se o empreendimento de significativo impacto ambiental afetar a zona de amortecimento da unidade de conservação, o órgão licenciador deverá solicitar opinião do órgão ambiental responsável pela gestão da unidade.

No licenciamento ambiental de empreendimento causador de significativo impacto ambiental, o empreendedor é obrigado a apoiar a implantação e a manutenção de unidade de conservação de proteção integral a título de compensação ambiental. Esse apoio é feito mediante investimento, cujo montante deve pagar, no mínimo, meio por cento dos custos totais da implantação do empreendimento.

A indicação, pelo órgão licenciador, do montante total a ser pago a título de compensação ambiental, à luz do entendimento do STF, deve ocorrer de acordo com o grau de impacto significativo negativo do empreendimento indicado no EIA e respectivo relatório (EIA/RIMA).

Ao se aplicarem recursos de compensação ambiental na manutenção de unidades de conservação já criadas, devem-se priorizar as pesquisas sobre o manejo da unidade e área de amortecimento em relação à aquisição de bens e serviços necessários à implantação, gestão, monitoramento e proteção.

As atividades humanas no interior de unidades de conservação de uso sustentável, desde que compatíveis com os objetivos dessas unidades, devem ser precedidas de licenciamento ambiental.