O Município de Quixeré foi instituído em 1870 através da Lei Provincial n° 1.347, que criou o novo município a partir de um desmembramento do Munícipio de Quixeramobim, que se havia desenvolvido largamente no século XIX em virtude da instalação da estrada de ferro que ligava o Cariri a Fortaleza.

A ocupação definitiva de Quixeré teve início com o funcionamento das charqueadas no Ceará no século XVIII, que possibilitaram a competitividade da pecuária no Estado. Contudo, a elevação da vila à categoria de cidade só se daria em outubro de 1842.

Graças à pecuária, Quixeré foi elevada à vila em 1738 e, em 1842, obteve a categoria de cidade. Devido a sua importância econômica, Quixeré foi uma das cidades que tiveram projetos urbanísticos planejados na Corte de Lisboa.

Na segunda metade do século XIX, a atual região do Município de Quixeré começa a ser habitada, dando início a um povoado, com o nome de Tabuleiro, que se desenvolveu substancialmente graças às atividades missionárias da construção da Igreja de Nossa Senhora da Imaculada Conceição. Quixeré foi elevado à categoria de vila em 1933, mudando seu nome para o atual. Em, 11 de abril de 1957, foi elevada à categoria de cidade.

Em 1832, Quixeré foi elevado à categoria de vila, entretanto, ainda pertencia à Província do Piauí, onde permaneceu até 1880. Com a expansão da Estrada de Ferro de Sobral-Camocim para o Piauí, em 1911, as terras de Quixeré foram cortadas pela ferrovia, sendo a vila, então, elevado à categoria de cidade.