Em situações em que os morcegos utilizam árvores como fonte de alimento, o uso de hipoclorito de sódio a 2% pulverizado na árvore após a poda ou retirada dos frutos, é um método adequado para afugentá-los.

O sistema escape-morcego é um dos métodos mais simples de exclusão, no qual há a ideia básica de permitir a saída dos animais, porém impedindo seu retorno para dentro do abrigo. A estrutura pode ser confeccionada com canos de PVC e lonas plásticas que são baratas e de fácil manuseio, além de apresentar espaçamento suficientemente razoável para permitir que o morcego passe pelo seu interior sem ficar preso.

O uso de passarinheiras é o método mais indicado para o controle de morcegos em habitações, pois impede a entrada dos morcegos. Ainda há a vantagem de não causar lesões ou morte do animal.

O gel repelente é um produto químico atóxico que é aplicado junto aos pontos de repouso do animal. Nesse caso, o inconveniente é a aplicação do produto que deve ser durante a noite, no momento em que eles estão fazendo a revoada. Na tentativa de retirar o produto, outros morcegos também ingerem o produto que é repulsivo para o animal, fazendo com que os animais deixem o refúgio.