São as bases nitrogenadas livres no mix da reação, que se ligam na fita de DNA complementar; fase: desnaturação.

São constituídos de uma sequência de nucleotídeos que possuem duas substâncias fluorescentes em suas extremidades; fase: extensão.

São uma pequena sequência de nucleotídeos que hibridizam no começo da sequência alvo; fase: anelamento.

São enzimas que atuam no processo de extensão da fita simples de DNA e são ativadas na temperatura de 72 ºC; fase: hibridização.