Agentes antimicrobianos são compostos químicos que somente matam microrganismos. Antimicrobianos dirigidos às bactérias são geralmente referidos às bactérias como agentes antimicrobianos, embora alguns deles (por exemplo, penicilina e tetraciclina) sejam também ativos contra protozoários.

Resistência intrínseca ou natural decorre de um fator inerente estrutural ou funcional, associado com espécies bacterianas, um gênero, ou mesmo um grande grupo. Por exemplo, bactérias gram-negativas são intrinsicamente resistentes aos glicopeptídeos, porque sua membrana externa é impermeável a esses antibióticos.

A conjugação é um mecanismo que decorre de alterações genéticas no genoma bacteriano, a qual pode ser uma consequência de mutações ao acaso em genes próprios ou aquisição horizontal de agentes exógenos.

A resistência a um agente microbiano pode ser selecionada para outro agente conforme dois mecanismos: seleção cruzada e cosseleção. A seleção cruzada deve-se a coexistência de distintos genes ou mutações na mesma cepa bacteriana que confere a resistência a diferentes classes de drogas. A cosseleção se refere à presença de um único gene de resistência ou mutação conferindo resistência a dois ou mais agentes antimicrobianos, em geral pertencentes à mesma classe antimicrobiana.