Os documentos são arquivados na pasta em ordem cronológica crescente, ou seja, os mais antigos são colocados em evidência e aparecem primeiro.

Devem fazer parte do prontuário pelo menos os seguintes itens: identificação do paciente (nome, data de nascimento, nome da mãe, sexo, naturalidade, endereço); anamnese e exame físico, exames complementares, hipóteses diagnósticas, diagnósticos definitivos e tratamento efetuado; evolução diária, discriminação de todos os procedimentos realizados e identificação dos profissionais responsáveis.

O prontuário deve ser utilizado apenas para fins de saúde e prestação de contas, não sendo permitido seu uso como fonte de dados e conhecimentos, mesmo que para estudos retrospectivos, para o desenvolvimento da pesquisa médica e das demais áreas da saúde.

Consideram-se como componentes do prontuário apenas as informações armazenadas em papel. As informações registradas em meio digital, magnético ou qualquer outra forma de registro de dados que não as impressas não são consideradas componentes do prontuário.

As formas de organização do prontuário estão sujeitas a regras nacionais e devem seguir a mesma lógica, independente da instituição, características de atendimento de cada hospital e cultura médica local.