São importantes reservatórios do protozoário causador da leishmaniose.

São vetores do complexo viral causador da Diarreia Viral Bovina.

Costumam portar o Rhipicephalus sanguineus, um carrapato comum, que encontramos geralmente em cachorros e que transmite a Febre Amarela.

Apenas as capivaras em estado febril podem transmitir a Febre Maculosa por contato direto. Por isto, a preocupação das autoridades em afastar as capivaras dos centros urbanos.

As capivaras são hospedeiros amplificadores da febre maculosa, por meio do carrapato-estrela que esteja infectado pela bactéria Rickettsia rickettsii.