A ocorrência de alergia alimentar está relacionada a níveis significativamente mais baixos de filagrina do que na doença isolada.

As formas mediadas pela IgE apresentam eosinofilia sérica, diferente daquelas não mediadas pela IgE, e menores níveis de filagrina.

Os produtos da degradação da filagrina têm papel importante na patogênese, pois quebram a barreira de proteção da pele normal.

Algumas citocinas encontradas na inflamação alérgica, como a IL-4, podem apresentar efeito paradoxal, aumentando a produção de filagrina.

Existe uma relação inversa entre a variante patogênica do gene da filagrina e um maior risco de desenvolvimento de eczema herpético.