O órgão superior do SISNAMA é o Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA).

O órgão central do SISNAMA é o Conselho de Governo.

O órgão consultivo e deliberativo do SISNAMA é o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA).

Os Estados, na esfera de suas competências e nas áreas de sua jurisdição, elaborarão normas supletivas e complementares e padrões relacionados ao meio ambiente, podendo flexibilizar as regras estabelecidas pelo órgão consultivo e deliberativo.

Os órgãos central, setoriais, seccionais e locais deverão fornecer os resultados das análises efetuadas e sua fundamentação, quando solicitados por pessoa legitimamente interessada.