A Universidade Federal de Santa Catarina estrutura-se em coordenadorias, as quais se subordinam aos departamentos, que, por sua vez, subordinam-se aos centros, conquanto estes não sejam unidades. São consideradas unidades universitárias somente a Reitoria e as pró-reitorias.

Dentre as atribuições do reitor, não está a de vetar resoluções aprovadas pelos Órgãos Deliberativos Centrais, como as do Conselho Universitário.

É permitida a existência e criação de órgãos suplementares na Estrutura da UFSC, os quais terão natureza técnico-administrativa, cultural, recreativa e de assistência ao estudante.

Em relação às eleições na UFSC, estas serão conduzidas pelo Departamento de Eleições, que conduzirá as eleições dos centros, departamentos e até da Reitoria.

Compõem a Comunidade Universitária o corpo docente e o corpo discente (professores e estudantes); mas não os servidores técnico-administrativos em Educação, cujos direitos, vantagens e deveres são regidos por legislação própria.