A chamada Questão Religiosa do século XIX envolveu embates entre bispos e o Império, em razão da condenação de práticas da maçonaria, levando à suspensão e prisão de bispos que interditaram irmandades ligadas à maçonaria.

Parte do clero enfrentava precariedade material, criando, então, a associação Monte Pio Eclesiástico para assegurar a caridade e o auxílio mútuo. Porém, a falta de participação levou os seus criadores e o pequeno grupo inicial a decretarem seu fim, antes mesmo de terem iniciado.

O clero pernambucano desempenhou funções políticas relevantes, com alguns padres exercendo cargos de vereadores ou deputados provinciais, inserindo-se diretamente nas disputas políticas do Império.

No século XIX, o clero pernambucano demonstrou ampla adesão às ideias liberais e republicanas, liderando movimentos revolucionários e coordenando diretamente ações militares contra o governo imperial.

Alguns representantes do clero pernambucano acumularam bens, incluindo propriedades e escravos, e descumpriram preceitos como o celibato, demonstrando contradições entre a vida prática e as normas eclesiásticas.