Quando a auditoria interna no setor público for realizada com o uso de questionários estruturados, então eles devem ser previamente aprovados pelo órgão central de controle externo, de modo que haja padronização entre os processos aplicados para a identificação de inconsistências.

A auditoria interna deve assessorar a administração da entidade no trabalho de prevenção de fraudes e erros, obrigando-se a informá-la, sempre por escrito, de maneira reservada, sobre quaisquer indícios ou confirmações de irregularidades detectadas no decorrer de seu trabalho.

A missão de contribuir para o aperfeiçoamento dos processos de governança, gerenciamento de riscos e controles internos, está relacionada com a obrigação da auditoria interna elaborar e publicar as demonstrações contábeis da organização da qual faz parte.

A atividade de auditoria interna no setor público integra um sistema central de gerenciamento de riscos e garantia de integridade, subordinada ao tribunal de contas (ao qual é vinculada), criada para agregar valor e aperfeiçoar os processos e operações de uma organização.

Em razão do escopo e objetivos da auditoria interna no setor público, não é admitido que sejam empregadas técnicas de amostragem para a determinação da extensão de um teste de auditoria ou um de método de seleção de itens a serem testados.