Durante a elaboração do plano municipal de saneamento, foi necessário indicar em qual sistema de drenagem se inserem os cursos d'água de Lindóia do Sul, entre eles o Rio Engano, que corta o vale onde se instalaram os primeiros colonos. Santa Catarina reparte-se em duas vertentes hidrográficas, e o enquadramento correto orienta tanto o licenciamento dos empreendimentos quanto a captação de recursos junto aos comitês de bacia.

As águas que drenam o território de Lindóia do Sul dirigem-se para a bacia do rio: