O uso de pressão positiva expiratória final (PEEP) deve ser evitado na ventilação mecânica neonatal, pois pode causar colapso alveolar e hipoxemia.

A hipercapnia deve ser sempre evitada durante a ventilação mecânica neonatal, pois níveis elevados de CO₂ são prejudiciais em qualquer situação.

Na ventilação mecânica neonatal, recomenda-se manter frações inspiradas de oxigênio (FiO₂) elevadas, de forma contínua, para garantir saturações adequadas.

A ventilação mecânica de alta frequência (VMAF) é indicada especialmente em neonatos pré-termo extremos e em casos de extravasamento de ar pulmonar.

Na ventilação mecânica neonatal, a utilização de volumes correntes elevados (10 a 12 mL/kg) é recomendada para garantir adequada oxigenação e ventilação alveolar.