A utilização dos instrumentos econômicos está apoiada no princípio do poluidor-pagador, segundo o qual as boas práticas ambientais devem ser incentivadas e recompensadas.

A taxa de controle e fiscalização ambiental (TCFA) foi criada para custear o exercício do poder de polícia do IBAMA para controle e fiscalização das atividades potencialmente poluidoras.

A isenção do imposto territorial rural (ITR) sobre as áreas de reserva legal das propriedades rurais foi proibida devido à obrigatoriedade de manutenção da reserva legal.

O ICMS Ecológico é um instrumento tributário criado para estimular ações ambientalmente sustentáveis nas capitais dos estados brasileiros, como a instalação de sistemas de captação de água de chuva, a manutenção de cobertura vegetal e de áreas permeáveis.

Embora constitua uma sanção associada ao descumprimento de instrumentos de controle, a multa destaca-se entre os instrumentos econômicos utilizados para a proteção ambiental no Brasil.