O desafio de projetar um novo anticorpo pode ser reduzido à formação de alguns contatos resíduo-resíduo entre o anticorpo projetado e a proteína-alvo. Prever quais posições selecionar para variação e qual variação introduzir para obtenção de um anticorpo com nova função pode ser a chave para o design de bibliotecas relativamente pequenas e direcionadas.

Segundo Fischman e Ofran (2018), na interface anticorpo-antígeno, estudos identificaram uma prevalência dos aminoácidos