A autuação é um procedimento obrigatório para todos os documentos recebidos pelo protocolo, consistindo na abertura formal de processo administrativo mediante aposição de capa processual e numeração de folhas, etapa que precede, necessariamente, o registro do expediente.

A classificação consiste em atribuir um número sequencial ao documento recebido e registrar os dados identificadores, como remetente, data, assunto e espécie em sistema de controle, de modo a possibilitar o rastreamento do expediente ao longo de toda a sua tramitação.

O controle de tramitação abrange os documentos formalmente recebidos ou produzidos no âmbito do órgão, identificando os setores pelos quais passam desde o ingresso ou a produção até o cumprimento de sua finalidade administrativa.

O protocolo centralizado caracteriza-se pela distribuição das atividades de recebimento, registro e classificação entre as diferentes unidades administrativas do órgão, de modo que cada setor gerencie o fluxo documental de sua competência, sem a necessidade de encaminhar expedientes à unidade central.

A distribuição de documentos é uma atividade de competência exclusiva do protocolo geral, sendo vedada a sua execução por protocolos setoriais, que têm atribuição restrita ao recebimento e ao encaminhamento de expedientes à unidade central para o registro e a classificação.