Os municípios têm autonomia, de acordo com seu Plano Diretor, para a organização da ocupação urbana, desde que respeitem os limites mínimos definidos na Lei nº 12.651/2012 para a Área de Preservação Permanente.

Na Reurb-S dos núcleos urbanos informais que ocupam Áreas de Preservação Permanente, a regularização fundiária é vedada, mesmo mediante aprovação de projeto de regularização fundiária.

A inserção do imóvel rural em perímetro urbano desobriga o proprietário ou posseiro da manutenção da área de Reserva Legal.

A conservação da vegetação primária do bioma Mata Atlântica é de interesse público e pode ser computada como Reserva Legal apenas para imóveis classificados como rurais.

Em áreas urbanas consolidadas, os municípios podem definir, por lei, faixas marginais distintas das previstas na Lei nº 12.651/2012, para Áreas de Preservação Permanente, desde que respeitados os requisitos legais e as manifestações dos conselhos de meio ambiente competentes.