Atualmente, um dos desafios da Vigilância Sanitária é o fato de que para o mesmo tipo de problema ou condição adotam-se condutas diferenciadas, conforme o perito que realiza a fiscalização.

A descentralização das ações de Vigilância Sanitária para os municípios representa um fator dificultador para a superação dos tradicionais instrumentos de comando e controle.

A implementação da Política Nacional de Vigilância Sanitária tem facilitado o pleno funcionamento do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária (SNVS), constituído pelo órgão federal, estados e municípios.

O alvará sanitário ainda não consiste em um quesito obrigatório para a participação de processos de acreditação dos sistemas de saúde complementar, dificultando o sistema de Vigilância Sanitária.