o Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama) é responsável pela coordenação do Sistema.

o Ministério do Meio Ambiente é o órgão consultivo e deliberativo do SNUC.

o Instituto Chico Mendes e o Ibama são os órgãos executivos do SNUC, responsáveis por implementar e administrar as unidades de conservação em todas as esferas de atuação.

as Unidades de conservação estaduais e municipais podem ser integradas ao SNUC se possuírem objetivos de manejo que não podem ser atendidos por nenhuma categoria prevista na lei e possuírem características que as diferenciam claramente das demais.