Bombinhas foi fundada por colonos alemães que buscavam o isolamento das áreas litorâneas no século XIX.

O processo de emancipação de Bombinhas em relação a Porto Belo ocorreu através de plebiscito, tendo sua instalação oficial como município em 1º de janeiro de 1993.

O município é o maior em extensão territorial do Estado de Santa Catarina, superando cidades como Lages e Chapecó.

Bombinhas é uma Monarquia Constitucional Municipal, possuindo um sistema de governo diferente do restante do país.