Ao contrário da energia, que flui de forma unidirecional através dos níveis tróficos, sendo progressivamente dissipada como calor ao longo do processo, a matéria (como carbono, nitrogênio e fósforo) tende a circular de forma cíclica entre os componentes bióticos e abióticos do ecossistema.

Produtores primários (autótrofos) constituem, na maioria dos ecossistemas terrestres, a base da cadeia alimentar, convertendo energia luminosa - ou, em determinados ecossistemas específicos, energia química — em energia armazenada em compostos orgânicos.

Decompositores, como bactérias e fungos, desempenham papel central no fluxo de matéria dos ecossistemas, atuando na degradação da matéria orgânica morta e na consequente disponibilização de nutrientes inorgânicos para reabsorção por produtores primários, fechando os ciclos biogeoquímicos.

A quantidade de biomassa presente em determinado nível trófico não depende exclusivamente da eficiência de transferência energética entre níveis, mas também de fatores como a taxa de renovação (turnover) dessa biomassa ao longo do tempo.

A função dos decompositores nos ecossistemas restringe-se à degradação estética de resíduos orgânicos, sem qualquer papel relevante na disponibilização de nutrientes para os demais componentes do ecossistema.