Os avanços das técnicas de biologia molecular, aplicados ao sequenciamento de genomas, vem disponibilizando nos bancos de dados, quase que dia a dia, milhares de novas sequencias proteicas. Um dos desafios da genômica funcional tem sido, portanto, o estudo e a cauterização da função destas novas sequências. O esclarecimento das redes de interação proteína-proteína que operam em determinadas situações é um dos grandes desafios impostos aos pesquisadores para melhor compreender os mecanismos que levam ao correto funcionamento dos organismos. Um dos métodos existentes para o estudo das interações proteína-proteína disponíveis atualmente é o sistema duplo-híbrido de leveduras. Como toda metodologia, esta apresenta uma série de vantagens e limitações. Com relação ao sistema duplo-híbrido, analise as afirmativas abaixo.

I. O Sistema duplo híbrido funciona apenas com proteínas solúveis.

II. Quando aplicada a um organismo eucarionte, a disponibilidade de uma boa biblioteca de cDNA do organismo em estudo é um fator crítico para o bom desempenho desta metodologia.

III. Interações que dependem de modificações pós-traducionais podem não ser detectadas nesta metodologia.

IV. Interações fracas, ou muito efêmeras, entre proteínas tendem a não serem detectadas com a utilização desta metodologia.

Assinale:

Encarregado de realizar a purificação de uma proteína de interesse farmacológico, você chegou a um protocolo de purificação que resulta em uma mistura de quatro proteínas, com as seguintes características:



Visando purificar a proteína de interesse farmacológico (Proteína 2), você realizou uma cromatografia de gel filtração. Após acompanhar o perfil de eluição desta cromatografia, você identificou uma sequência de picos, que foram coletados e analisados. Com base nos seus conhecimentos sobre separação de proteínas, assinale a alternativa que melhor corresponde ao i.) número de picos indentificados na análise do cromatograma desta cromatografia; ii.) qual seria o pico que conteria a proteína de interesse; iii) e, no caso de existir a necessidade de passos adicionais em seu protocolo de purificação. Assinale a alternativa que indica uma opção viável de método subsequente a ser utilizado para o isolamento da proteína 2.

Assinale abaixo a alternativa que contém apenas estratégias experimentais que permitem o isolamento e a purificação de grandes complexos protéicos.

Com relação à fragmentação e ao sequenciamento de peptídeos utilizados nas análises de espectroscopia de massa, assinale a alternativa incorreta.

Encarregado de estabelecer um protocolo de purificação de cinco proteínas diferentes, um pesquisador realizou análises visando determinar algumas características básicas de cada um delas, que pudessem lhe indicar as melhores estratégias de purificação de cada uma delas.



Com base nestes dados o pesquisador optou pela realização dos seguintes passos de purificação: Inicialmente, a mistura foi aplicada em uma coluna de sepharose G50, sendo obtidas, na sequência de eluição, a fração 1 (F1, primeira a ser eluída), e a fração F2. A Fração F2 foi então aplicada em uma coluna de concanavalina. Após a aplicação do tampão de lavagem, foi obtida a fração F3 e, após aplicação do tampão de eluição, obteve-se a fração F4. Submetendo a Fração F3 à uma precipitação em sulfato de amônio, foram então obtidas a fração solúvel (F5) e a fração insolúvel (F6). A aplicação da Fração F1 em uma coluna de Poli-U, seguido da aplicação do tampão de lavagem deu então origem à fração F7 e, após a eluição final, com tampão de eluição, à fração F8.

Com base nas características das proteínas, e nos prodecimentos utilizados pelo pesquisador, assinale a alternativa que melhor identifica as frações nas quais cada uma das proteínas sera isolada de forma purificada.

O desenvolvimento das técnicas aplicadas à análise proteômica vem ampliando a resolução e o poder de detecção destas metodologias. Dentre estes avanços, o desenvolvimento de técnicas de coloração de proteínas por novas metodologias vem despertando grande interesse. Nesse sentido, analise as afirmativas a seguir.

I. A utilização de detecção por fluorescência aumenta o poder de resolução de proteínas em gel, mas é um método laborioso e que introduz a manipulação de reagentes perigosos, que aumentam o risco de exposição e biossegurança nos laboratórios e que detectam apenas uma fração das proteínas presentes nas amostras.

II. A utilização de marcação radioativa é relevante apenas quando estão sendo realizadas análises proteômicas baseadas em modificações pós-traducionais das proteínas.

III. As técnicas de marcação fluorescente e radioativa aumentam o poder de resolução das análises proteômicas, entretanto requerem etapas anteriores de incubação com compostos apropriados.

Assinale:

Com relação aos métodos de coloração de proteínas em gel, assinale a alternativa correta.

Interessado no estudo funcional de uma proteína quinase receptora, você foi encarregado de preparar uma série de mutações pontuais que pudessem interferir com a atividade desta quinase e com isso contribuir para o esclarecimento de aspectos importantes de sua participação nos processos de transdução de sinal. Sabendo-se que a quinase em questão é do tipo treonina quinase, e que o sítio ativo dessa enzima contém um resíduo de Treonina (Thr418) que ativa a quinase quando sofre auto-fosforilação, assinale abaixo a sequência de mutantes que poderão produzir, respectivamente, uma quinase inativa e uma quinase constitutivamente ativa:

Após a descoberta de um novo tipo de bactéria, isolada em amostras de solo da região amazônica, um grupo de pesquisa iniciou dois projetos multidisciplinares estruturados em rede. No primeiro dos projetos, foi realizado o sequenciamento completo e a anotação do genoma desta nova bactéria. No segundo projeto, foi realizada a análise proteômica da mesma bactéria. Após a finalização dos projetos, os resultados obtidos foram comparados. Com relação a esta comparação, assinale a alternativa correta.

O método de Edman tem sido um dos mais utilizados para o sequenciamento de peptídeos e compreende uma série de ciclos de reação. Analise as afirmativas abaixo com relação à este método.

I. Na primeira etapa, o polipeptídeo em estudo reage com PITC, que se acopla ao grupo NH2 livre do aminoácido 1.

II. Na segunda etapa, ocorre a hidrólise ácida da proteína conjugada com PITC, que libera a feniltiohidantoína (PTH) do aminoácido 1 e o restante do polipeptídeo, tornando o aminoácido 2 o novo resíduo N-terminal.

III. Na terceira etapa, a análise cromatográfica do PTHaminoácido é realizada.

Assinale: